Jak informuje serwis MorphOS-News w przypadku wystąpienia problemów z instalacją MorphOSa z dostarczonej wraz z Pegasos II płyty CD, użytkownicy proszeni są o pobranie z sieci małej poprawki skryptu instalacyjnego. Można poradzić sobie jednak bez niej poprzez instalację systemu na dysk twardy przy pomocy komendy:
"copy morphosboot:#? dest: all clone"

Osoby chcące wykorzystać stary twardy dysk z wersją systemu którą tam posiadali i z którego korzystali w Pegasos I, wystarczy, że zastąpią plik boot.img plikiem dostarczonych na płytce z Pegasos II.

Uwaga: Zawsze lepiej użyć (poprawionego) skryptu instalacyjnego!