Toni Wilen przygotował nową wersję emulatora WinUAE oznaczona numerkiem 4.0.1. Jest to wydanie poprawkowe, choć znalazło w nim swoje miejsce również kilka nowych elementów. Szczegóły dotyczące wszystkich poprawek, usprawnień oraz nowości znaleźć można w dokumentacji oraz na stronie programu.