Standardowa instalacja MorphOS-a natywnie obsługuje systemy plików SFS (Smart FileSystem),
IceFileSystem, FFS (Amiga FastFileSystem) oraz ISO9660 (płyty CD). Bez problemów działa (pod emulacją 68k) również amigowy system plików
PFS3 oraz sterownik
FAT95 (pecetowe FAT12/FAT16/FAT32). Dostępne są też natywne sterowniki dla pecetowego
NTFS - przez filesysbox (FUSE) (możliwy zapis i odczyt), NTFS (w tej wersji możliwy tylko odczyt) oraz linuksowe
EXT2/EXT3 (zapis/odczyt) i
XFS (SGI XFS, tylko odczyt), MAC HFS+ (zapis i odczyt).